1．選擇合適的轉(zhuǎn)染試劑

不同細胞系轉(zhuǎn)染效率通常不同，但細胞系的選擇通常是根據(jù)實驗的需要，因此在轉(zhuǎn)染實驗前應(yīng)根據(jù)實驗要求和細胞特性選擇適合的轉(zhuǎn)染試劑。每種轉(zhuǎn)染試劑都會提供一些已經(jīng)成功轉(zhuǎn)染的細胞株列表和文獻，通過這些資料可選擇適合實驗設(shè)計的轉(zhuǎn)染試劑。當然，適合的是高效、低毒、方便、廉價的轉(zhuǎn)染試劑。

2．保持佳的細胞狀態(tài)

一般低的細胞代數(shù)（<50）能保基因型不變。適合轉(zhuǎn)染的細胞是經(jīng)過幾次傳代后達到指數(shù)生的細胞，細胞生長旺盛，容易轉(zhuǎn)染。細胞培養(yǎng)在實驗室中保存數(shù)月和數(shù)年后會經(jīng)歷突變，總?cè)旧w重組或基因調(diào)控變化等而演化。這會導致和轉(zhuǎn)染相關(guān)的細胞行為的變化。也就是說同一種系的細胞株，在各實驗室不同培養(yǎng)條件下，其生物學性狀發(fā)生不同程度的改變，導致其轉(zhuǎn)染特性也發(fā)生變化。因此，如果發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)染效率降低，可以試著轉(zhuǎn)染新鮮培養(yǎng)的細胞以恢復較佳結(jié)果。

3．選擇高效的轉(zhuǎn)染方法

不同轉(zhuǎn)染試劑有不同的轉(zhuǎn)染方法，但大多大同小異。轉(zhuǎn)染時應(yīng)跟據(jù)具體轉(zhuǎn)染試劑的方法，但也要注意，因不同實驗室培養(yǎng)的細胞性質(zhì)不同，質(zhì)粒定量差異，操作手法上的差異等，其轉(zhuǎn)染效果可能不同，應(yīng)根據(jù)實驗室的具體條件來確定較佳轉(zhuǎn)染條件。

4．所構(gòu)建載體的質(zhì)量。

轉(zhuǎn)染載體的構(gòu)建（病毒載體，質(zhì)粒DNA，RNA，pcr產(chǎn)物，寡核苷酸等）也影響轉(zhuǎn)染結(jié)果。病毒載體對特定宿主細胞感染效率較高，但不同病毒載體有其特定的宿主，有的還要求特定的細胞周期，如逆轉(zhuǎn)錄病毒需侵染分裂期的宿主細胞，此外還需考慮一些安全問題（如基因污染）。除載體構(gòu)建外，載體的形態(tài)及大小對轉(zhuǎn)染效率也有不同的影響，如前面提到的超螺旋及線性DNA對瞬時和穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的影響。如果基因產(chǎn)物對細胞有毒性作用，轉(zhuǎn)染也很難進行，因此選擇組成或可調(diào)控，強度合適的啟動子也很重要，同時做空載體及其它基因的相同載體構(gòu)建的轉(zhuǎn)染正對照可排除毒性影響的干擾。